Eine jede Festplatte hat die sogenannte Master File Table. In ihr sind alle Informationen zu sämtlichen Dateien auf der Festplatte enthalten: Wo sie liegen, Größe, Zugriffsrechte und Informationen über deren Benutzung. Demnach ist die MFT das Heiligtum einer NTFS Festplatte.

Leider fragmentiert die MFT sehr schnell, was zu Performanceeinbrüchen führen kann. Hier helfen Tools wie z.B. O&O Defrag V4 weiter.